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कुल कितने transcripts?

वीडियो में याद है कि हमने अपने gene of interest के एक transcript में exons की लंबाई कैसे निकाली थी? अब आपकी बारी है यह पता लगाने की कि gene ABCD1 के पास कितने transcripts हैं। आप इसका पता इस तरह लगा सकते हैं:

transcriptsBy(x, by = "gene")

जब आपको gene के आधार पर सभी transcripts मिल जाएँ, तब आप किसी भी gene को उसके id से चुन सकते हैं। ABCD1 का gene id 215 है। किसी विशेष gene की जानकारी चुनने के लिए एक छोटा सा टिप है: gene id को back-tick मार्क्स में रखें, उदाहरण के लिए transcripts$`215`.

यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है

R में Bioconductor परिचय

पाठ्यक्रम देखें

अभ्यास निर्देश

  • human transcripts DB को hg में लोड करें.
  • seqlevels() का उपयोग करके chromosome X को pre-filter करें.
  • hg में सभी transcripts को "gene" के आधार पर लें, परिणाम hg_chrXt में सहेजें, और उसे प्रिंट करें.
  • hg_chrXt से $ का उपयोग करके gene `215` चुनें.

इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास

इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।

# Load the human transcripts DB to hg
library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene)
hg <- ___

# Prefilter chromosome X "chrX" using seqlevels()
___(___) <- c(___)

# Get all transcripts by gene and print it
hg_chrXt <- transcriptsBy(___, by = ___)
hg_chrXt

# Select gene `215` from the hg_chrXt
___$___
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