रास्ते में ही reads को फ़िल्टर करें!
मान लीजिए, किसी फ़ाइल में मौजूद सभी reads में से आपको सिर्फ़ कुछ खास reads में दिलचस्पी है। आप फ़िल्टर का उपयोग कर सकते हैं!
मान लें कि आप सिर्फ़ उन reads में रुचि रखते हैं जो पैटर्न "ATGCA" से शुरू होते हैं। एक छोटा-सा फ़िल्टरिंग फंक्शन srFilter() फंक्शन का उपयोग करके यह काम कर सकता है:
myStartFilter <- srFilter(function(x) substr(sread(x), 1, 5) == "ATGCA")
यह फंक्शन, जो आपके लिए पहले से बनाया गया है, एक ShortRead-व्युत्पन्न ऑब्जेक्ट को इनपुट के रूप में लेता है और आउटपुट में वे reads देता है जो "ATGCA" पैटर्न से शुरू होते हैं। आइए, इस फंक्शन को इस्तेमाल में लें!
यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है
R में Bioconductor परिचय
इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास
इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।
# Load package ShortRead
library(ShortRead)
# Check class of fqsample
___
# Filter reads into selectedReads using myStartFilter
selectedReads <- fqsample[___(___)]
# Check class of selectedReads
___