सीक्वेंस क्वालिटी की खोजबीन
अब fqsample पर क्वालिटी कंट्रोल जाँच करने की बारी आपकी है। आगे का विश्लेषण शुरू करने से पहले यह एक अहम कदम है, ताकि डेटा में समस्याएँ जल्दी पहचानी जा सकें।
quality() में हर अक्षर के लिए एन्कोडिंग मान जाँचने के लिए encoding() का उपयोग करें:
encoding(quality(fqsample))
क्वालिटी असेसमेंट (QA) का सारांश पाने के लिए qa() का उपयोग करें:
qaSummary <- qa(fqsample, type = "fastq", lane = 1)
यह qaSummary आपके लिए पहले से बनाया गया है। QA के किसी तत्व तक पहुँचने के लिए qaSummary[["nameElement"]] का उपयोग करें, जहाँ nameElement उस तत्व का नाम है जिसे आप देखना चाहते हैं।
यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है
R में Bioconductor परिचय
इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास
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# Load ShortRead
library(___)
# Check quality
___(___)