Tabular डेटा से Genomic Ranges तक
वीडियो में, आपने GRanges ऑब्जेक्ट बनाने के तरीके सीखे। आप किसी रेंज के नाम, शुरूआती और अंतिम पोज़िशन (seqnames, start, और end) देकर एक GRange परिभाषित कर सकते हैं। अगर आपका डेटा टेबल फॉर्मेट में है, तो आप उसे GRanges ऑब्जेक्ट में ट्रांसफॉर्म भी कर सकते हैं। आइए seq_intervals नाम के एक data frame का उपयोग करें, क्योंकि अक्सर आप अपने sequence intervals इसी तरह स्टोर करते हैं। नोट: अगर आप tibble से अधिक परिचित हैं, तो उसे भी इस्तेमाल कर सकते हैं.
आप प्री-डिफ़ाइंड seq_intervals data frame को as() फंक्शन की मदद से GRanges ऑब्जेक्ट में बदलेंगे। as() फंक्शन का परिचय पिछले वीडियो में दिया गया था — यह किसी ऑब्जेक्ट और उस क्लास का नाम लेता है जिसमें ऑब्जेक्ट को कन्वर्ट करना है.
यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है
R में Bioconductor परिचय
अभ्यास निर्देश
GenomicRangesलोड करें.seq_intervalsप्रिंट करें ताकि इसकी संरचना दिखे.seq_intervalsकोGRangesऑब्जेक्ट में ट्रांसफॉर्म करें, नए ऑब्जेक्ट का नामmyGRरखें.myGRप्रिंट करें.
इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास
इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।
# Load GenomicRanges package
library(GenomicRanges)
# Print seq_intervals
___
# Create myGR
___ <- ___(___, "___")
# Print myGR
___