GenomicRanges एक्सेसर
पिछले अभ्यास में, आपने बेसिक जानकारी वाले एक data frame से GRanges ऑब्जेक्ट बनाया था. आप देखेंगे कि GRanges इससे कहीं ज़्यादा स्टोर कर सकता है!
myGR नाम के GRanges ऑब्जेक्ट को एक्सप्लोर करने के लिए एक्सेसर मेथड का उपयोग कीजिए. आप GRanges ऑब्जेक्ट से chromosome नाम, sequences की संख्या, हर sequence के नाम, strand, score, length और बहुत सी अन्य जानकारियाँ निकाल सकते हैं.
GRanges के लिए कुछ बेसिक एक्सेसर इस प्रकार हैं:
seqnames(gr)
ranges(gr)
mcols(gr)
genome(gr)
seqinfo(gr)
एक पूरी सूची के लिए, आप methods(class = "GRanges") देख सकते हैं.
यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है
R में Bioconductor परिचय
अभ्यास निर्देश
myGRके लिए sequence जानकारी पाएँ.mcols()का उपयोग करके metadata जाँचें.
इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास
इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।
# Load GenomicRanges
library(___)
# Print the seqinfo of myGR
___
# Check the metadata
___