एक fastq फ़ाइल का अन्वेषण

Fastq फ़ाइलों में प्रायः हज़ारों या लाखों reads होते हैं, इसलिए इनका आकार बहुत बड़ा हो सकता है! इस अभ्यास में, आप 500 reads के एक छोटे fastq उप-नमूने का उपयोग करेंगे, जो आसानी से मेमोरी में फिट हो जाता है और जिसे readFastq() फंक्शन से पूरी तरह पढ़ा जा सकता है।

मूल सीक्वेंस फ़ाइल Arabidopsis thaliana से है, जिसे UC Davis Genome Center ने उपलब्ध कराया है। इसका accession number SRR1971253 है और इसे Sequence Read Archive (SRA) से डाउनलोड किया गया था। इसमें पत्तियों के ऊतकों से प्राप्त DNA शामिल है, जिसे मिलाकर Illumina HiSeq 2000 पर सीक्वेंस किया गया। ये sequences single-read हैं और इनकी लंबाई 50 base pairs (bp) है।

fqsample एक ShortReadQ ऑब्जेक्ट है और इसमें reads, quality scores, और ids की जानकारी होती है। अब इसे आप explore कीजिए!