और फ़िल्टरिंग!
शानदार! अब जबकि आपने reads को फ़िल्टर करने का अभ्यास कर लिया है, तो आइए polynFilter() फंक्शन का उपयोग करें। यह फंक्शन उन reads का चयन करता है जिनमें डुप्लिकेट न्यूक्लियोटाइड्स की संख्या किसी दिए गए मान से कम होती है। उदाहरण के लिए, polynFilter(threshold = 20, nuc = c("A")) सभी ऐसे reads चुनेगा जिनमें A की संख्या 20 से कम है। पैरामीटर nuc एक character वेक्टर होता है जिसमें न्यूक्लियोटाइड्स के IUPAC सिंबल होते हैं, या सभी non-nucleotide सिंबल्स के लिए मान "other" होता है।
fqsample ऑब्जेक्ट आपके वर्कस्पेस में उपलब्ध है।
यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है
R में Bioconductor परिचय
इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास
इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।
# Check reads of fqsample
___
# Create myFil using polynFilter
myFil <- ___
# Check myFil
myFil