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fastq फ़ाइल से एक सैंपल निकालें

अब आपकी बारी है कि आप कई reads की sequence से एक सैंपल हिस्सा निकालें.

आप वही फ़ाइल इस्तेमाल करेंगे जिसे आपने पिछले अभ्यास में पढ़ा था. इस फ़ाइल में 500 reads हैं, हर एक 50 bp का. फ़ाइल पाथ f नाम के ऑब्जेक्ट में रखा है.

FastqSampler(con = file_path, n = length), set.seed(), और yield() का उपयोग करके आप अपनी sequence फ़ाइल से 100 reads का subset बना सकते हैं.

यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है

R में Bioconductor परिचय

पाठ्यक्रम देखें

अभ्यास निर्देश

  • ShortRead लोड करें.
  • set.seed() को मान 1234 के साथ उपयोग करें.
  • FastqSampler() को f में स्थित छोटी fastq फ़ाइल के साथ चलाएँ और 100 reads चुनें.
  • उप-सीक्वेंस बनाने के लिए yield() का उपयोग करें.

इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास

इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।

# Load ShortRead
library(ShortRead)

# Set a seed for sampling
___

# Use FastqSampler with f and select 100 reads
fs <- ___(con = ___, ___ = ___)

# Generate new sample yield
my_sample <- ___

# Print my_sample
___
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