छह फ़्रेमों में एक conserved region खोजना
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अब आप Zika वायरस की सीक्वेंस में NS5 प्रोटीन सीक्वेंस खोज सकेंगे. NS5 एक बहुत conserved वायरस प्रोटीन है. यह आपके लिए Uniprot से डाउनलोड करके लोड किया गया है.
Zika वायरस की DNA सीक्वेंस को ट्रांसक्राइब करके एक RNAStringSet में बदला गया है, जिसका नाम rnaframesZikaSet है. इस सेट में छह रीडिंग फ़्रेम हैं (प्रत्येक सीक्वेंस के लिए एक), जिन्हें आपको अमीनो एसिड्स में ट्रांसलेट करना है. खोज करते समय, आप vcountPattern() कॉल में max.mismatch आर्ग्युमेंट सेट करेंगे ताकि आपकी खोज में लचीलापन रहे.
यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है
R में Bioconductor परिचय
इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास
इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।
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