Alignements des lectures

Dans le workflow d’analyse RNA-Seq, nous recevons les fichiers de séquençage FASTQ bruts du centre de séquençage. Nous évaluons la qualité des lectures de séquence pour chaque échantillon, puis nous déterminons l’origine génomique des lectures en effectuant un alignement. Nous utiliserons les informations sur les positions d’alignement des lectures pour générer la matrice de comptage, qui servira de point de départ à l’analyse d’expression différentielle. Qu’a-t-on quantifié pour générer la matrice de comptage ?