Résultats significatifs avec DESeq2
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Extraitons maintenant les résultats significatifs ! Supposons que vous disposiez des résultats extraits lors de l’exercice précédent, smoc2_res.
Cet exercice fait partie du cours
RNA-Seq avec Bioconductor en R
Instructions
Enregistrez les résultats,
smoc2_res, sous forme de data frame en utilisant la fonctiondata.frame()sur l’objet de résultats.Extrayez les gènes significatifs dont la valeur p ajustée est inférieure à 0,05 (valeur alpha) à l’aide de la fonction
subset().
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.
# Save results as a data frame
smoc2_res_all <- ___(___)
# Subset the results to only return the significant genes with p-adjusted values less than 0.05
smoc2_res_sig <- ___(___, ___ < ___)