Modèle DESeq2 - extraction des résultats

REMARQUE : Le chargement de cet exercice peut prendre un peu plus de temps.

Après avoir examiné les dispersions et constaté que les données s’ajustent bien au modèle DESeq2, nous souhaitons extraire les résultats.

Supposez que toutes les étapes préalables ont été réalisées, y compris la création de l’objet DESeq2, dds_smoc2, et l’exécution de la fonction DESeq().

Cet exercice fait partie du cours

RNA-Seq avec Bioconductor en R

Afficher le cours

Instructions

Utilisez la fonction results() pour définir le contraste de la comparaison avec un alpha de 0.05. Pour la condition d’intérêt, condition, produisez les résultats pour le groupe d’échantillons fibrosis par rapport au groupe normal, de sorte que le groupe normal soit le niveau de référence.

Exercice interactif pratique

Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.

# Extract the results of the differential expression analysis
smoc2_res <- results(___, 
                ___ = ___, 
                alpha = ___)

Modifier et exécuter le code