Normaliser les comptes avec DESeq2
Nous avons créé l’objet DESeq2 et souhaitons à présent effectuer un contrôle qualité sur nos échantillons. Pour cela, nous devons générer les comptes normalisés (normalisés selon la taille de la bibliothèque, c’est-à-dire le nombre total de comptes de gènes par échantillon, tout en tenant compte de la composition de la bibliothèque). Pour obtenir les comptes normalisés, utilisez l’objet DESeq2 et générez la matrice de comptes normalisés.
Cet exercice fait partie du cours
RNA-Seq avec Bioconductor en R
Instructions
Estimez les facteurs de taille pour les données de comptes smoc2 avec la fonction
estimateSizeFactors()et enregistrez-les dans l’objetdds_smoc2.Extrayez les valeurs de comptes normalisés de
dds_smoc2et enregistrez-les sous le nomsmoc2_normalized_countsavec la fonctioncounts().
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.
# Determine the size factors to use for normalization
dds_smoc2 <- ___(___)
# Extract the normalized counts
smoc2_normalized_counts <- ___(___, ___)