Résultats DESeq2 - Réduction des LFC

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Pour améliorer les estimations du fold change de nos données, nous allons appliquer une réduction des log2 fold changes avec la fonction lfcShrink().

Supposez que toutes les étapes préalables ont été exécutées, y compris la création de l’objet DESeq2, dds_smoc2, l’exécution de la fonction DESeq() et l’extraction des résultats, smoc2_res.

Cet exercice fait partie du cours

RNA-Seq avec Bioconductor en R

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Instructions

Effectuez la réduction des log2 fold changes à l’aide de la fonction lfcShrink().

Exercice interactif pratique

Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.

# Shrink the log2 fold change estimates to be more accurate
smoc2_res <- lfcShrink(___, 
                    contrast =  c(___, ___, ___),
                    res = ___)

Modifier et exécuter le code