Analyse DE RNA-Seq - planification expérimentale

La clé d’une analyse d’expression différentielle RNA-Seq réussie est une bonne planification expérimentale. Pour éviter les effets de lot et bien séparer nos sources de variation connues entre groupes d’échantillons, nous allons choisir la meilleure façon de constituer les lots d’échantillons pour notre expérience RNA-Seq.

Nos métadonnées contiennent des informations sur nos échantillons, notamment :

• sample : nom de l’échantillon
• treatment : A ou B
• sex : M ou F
• replicate : 1, 2, 3, 4

En raison de la durée de l’extraction tissulaire, vous ne pouvez isoler l’ARN que de 4 échantillons à la fois, et nous avons 4 réplicats biologiques par groupe. Laquelle des propositions suivantes offre la meilleure façon de constituer les lots d’échantillons pour RNA Isolation afin d’éviter les effets de lot :

• Option A :

• Option B :

• Option C :

• Option D :