1. Nauka
    2. /
  2. Kursy
    3. /
  3. RNA-Seq z Bioconductor w R
Connected

ćwiczenie

Normalizacja zliczeń za pomocą DESeq2

Obiekt DESeq2 został już utworzony. Teraz chcemy przeprowadzić kontrolę jakości naszych próbek. W tym celu musimy wygenerować znormalizowane zliczenia – znormalizowane ze względu na rozmiar biblioteki (czyli całkowitą liczbę zliczeń genów na próbkę) z uwzględnieniem jej składu. Aby uzyskać znormalizowane zliczenia, użyj obiektu DESeq2 i wygeneruj macierz znormalizowanych zliczeń.

Instrukcje

100 XP

  • Wyznacz współczynniki rozmiaru (size factors) dla danych zliczeń smoc2 przy użyciu funkcji estimateSizeFactors() i zapisz wynik z powrotem do obiektu dds_smoc2

  • Wyodrębnij znormalizowane wartości zliczeń z dds_smoc2 i zapisz je jako smoc2_normalized_counts, używając funkcji counts().