Normalizacja zliczeń za pomocą DESeq2
Obiekt DESeq2 został już utworzony. Teraz chcemy przeprowadzić kontrolę jakości naszych próbek. W tym celu musimy wygenerować znormalizowane zliczenia – znormalizowane ze względu na rozmiar biblioteki (czyli całkowitą liczbę zliczeń genów na próbkę) z uwzględnieniem jej składu. Aby uzyskać znormalizowane zliczenia, użyj obiektu DESeq2 i wygeneruj macierz znormalizowanych zliczeń.
To ćwiczenie jest częścią kursu
RNA-Seq z Bioconductor w R
Instrukcje do ćwiczenia
Wyznacz współczynniki rozmiaru (size factors) dla danych zliczeń smoc2 przy użyciu funkcji
estimateSizeFactors()i zapisz wynik z powrotem do obiektudds_smoc2Wyodrębnij znormalizowane wartości zliczeń z
dds_smoc2i zapisz je jakosmoc2_normalized_counts, używając funkcjicounts().
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Determine the size factors to use for normalization
dds_smoc2 <- ___(___)
# Extract the normalized counts
smoc2_normalized_counts <- ___(___, ___)