Analiza DE RNA-Seq – planowanie eksperymentu
Kluczem do udanej analizy ekspresji różnicowej RNA-Seq jest dobre zaplanowanie eksperymentu. Aby uniknąć efektów partii i odpowiednio rozdzielić znane źródła zmienności między grupy próbek, wybierzemy najlepszy sposób grupowania próbek w planowanym eksperymencie RNA-Seq.
Nasze metadane zawierają informacje o próbkach, w tym:
- sample: nazwa próbki
- treatment: A lub B
- sex: M lub F
- replicate: 1, 2, 3, 4
Ze względu na czasochłonność procesu izolacji tkanki możliwe jest jednoczesne izolowanie RNA tylko z 4 próbek, a w każdej grupie mamy 4 repliki biologiczne. Która z poniższych opcji przedstawia najlepszy sposób grupowania próbek dla etapu RNA Isolation, pozwalający uniknąć efektów partii:
- Opcja A:
- Opcja B:
- Opcja C:
- Opcja D:
To ćwiczenie jest częścią kursu
RNA-Seq z Bioconductor w R
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Przekształć teorię w praktykę dzięki jednemu z naszych interaktywnych ćwiczeń
Rozpocznij ćwiczenie