1. Nauka
    2. /
  2. Kursy
    3. /
  3. RNA-Seq z Bioconductor w R
Connected

ćwiczenie

Podsumowanie przepływu pracy DE w RNA-Seq

UWAGA: Wczytanie tego ćwiczenia może chwilę potrwać.

Przejdźmy przez przepływ pracy DESeq2 z użyciem pełnego zbioru danych, obejmującego zarówno próbki wildtype, jak i próbki z nadekspresją smoc2. Biblioteki DESeq2 i dplyr zostały już załadowane, a plik metadanych all_metadata oraz plik z surowymi zliczeniami all_rawcounts wczytane.

full metadata

Instrukcje

100 XP
  • Sprawdź, czy próbki w all_rawcounts i all_metadata występują w tej samej kolejności – użyj funkcji rownames(), colnames(), all() oraz operatora %in%.
  • Utwórz obiekt DESeq2, stosując odpowiedni projekt: testuj efekt condition, kontrolując jednocześnie genotype.
  • Utwórz obiekt DESeq2, stosując odpowiedni projekt: kontroluj genotype i condition osobno, ale testuj interakcję genotype:condition.