1. Nauka
    2. /
  2. Kursy
    3. /
  3. RNA-Seq z Bioconductor w R
Connected

ćwiczenie

Wyniki DESeq2 – redukcja LFC

UWAGA: Wczytanie tego ćwiczenia może chwilę potrwać.

Aby poprawić oszacowania krotności zmian dla naszych danych, skorzystamy z funkcji lfcShrink(), która pozwala zredukować logarytmiczne krotności zmian (log2 fold changes).

Zakładamy, że wszystkie wcześniejsze kroki zostały wykonane: utworzono obiekt DESeq2 dds_smoc2, uruchomiono funkcję DESeq() oraz wyodrębniono wyniki do obiektu smoc2_res.

Instrukcje

100 XP
  • Wykonaj redukcję logarytmicznych krotności zmian (log2 fold changes) przy użyciu funkcji lfcShrink().