Wyniki DESeq2 – redukcja LFC

UWAGA: Wczytanie tego ćwiczenia może chwilę potrwać.

Aby poprawić oszacowania krotności zmian dla naszych danych, skorzystamy z funkcji lfcShrink(), która pozwala zredukować logarytmiczne krotności zmian (log2 fold changes).

Zakładamy, że wszystkie wcześniejsze kroki zostały wykonane: utworzono obiekt DESeq2 dds_smoc2, uruchomiono funkcję DESeq() oraz wyodrębniono wyniki do obiektu smoc2_res.

To ćwiczenie jest częścią kursu

RNA-Seq z Bioconductor w R

Zobacz kurs

Instrukcje do ćwiczenia

Wykonaj redukcję logarytmicznych krotności zmian (log2 fold changes) przy użyciu funkcji lfcShrink().

Interaktywne ćwiczenie praktyczne

Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.

# Shrink the log2 fold change estimates to be more accurate
smoc2_res <- lfcShrink(___, 
                    contrast =  c(___, ___, ___),
                    res = ___)

Edytuj i uruchom kod