1. Nauka
    2. /
  2. Kursy
    3. /
  3. RNA-Seq z Bioconductor w R
Connected

ćwiczenie

Wizualizacje w DESeq2 – wykresy MA i wulkaniczne

UWAGA: Wczytanie tego ćwiczenia może chwilę potrwać.

Wizualizacje to świetny sposób na eksplorację wyników – pozwalają zobaczyć dane z lotu ptaka i lepiej zrozumieć właściwości istotnych genów. Zwykle oczekujemy, że geny istotne statystycznie będą rozmieszczone w całym zakresie wartości średnich – możemy to sprawdzić za pomocą wykresu MA. Jeśli istotne geny skupiają się wyłącznie przy wysokich wartościach średnich, może to sygnalizować problem z danymi. Wykres wulkaniczny z kolei pozwala ocenić zakres zmian krotności (fold change) potrzebnych do stwierdzenia istotności w naszych danych.

Przejdźmy do eksploracji wyników za pomocą wykresów MA i wulkanicznych.

Instrukcje

100 XP

  • Utwórz wykres MA, używając funkcji plotMA() i podając jako dane wejściowe obiekt wyników smoc2_res.

  • Dodaj nową kolumnę jako wektor logiczny wskazujący, czy wartości padj są mniejsze niż 0,05, korzystając z funkcji mutate().

  • Utwórz wykres wulkaniczny przedstawiający wartości log2 fold change względem -log10 skorygowanej wartości p, używając ggplot() i kolorując punkty odpowiadające genom według tego, czy są istotne statystycznie.