1. Nauka
    2. /
  2. Kursy
    3. /
  3. RNA-Seq z Bioconductor w R
Connected

ćwiczenie

Model DESeq2 – wyodrębnianie wyników

UWAGA: Wczytanie tego ćwiczenia może chwilę potrwać.

Po przeanalizowaniu dyspersji i potwierdzeniu, że dane dobrze pasują do modelu DESeq2, możemy przystąpić do wyodrębnienia wyników.

Załóż, że wszystkie wcześniejsze kroki zostały wykonane – w tym utworzenie obiektu DESeq2 o nazwie dds_smoc2 oraz uruchomienie funkcji DESeq().

Instrukcje

100 XP
  • Użyj funkcji results(), aby określić kontrast dla porównania z poziomem alfa równym 0.05. Dla warunku zainteresowania condition wyodrębnij wyniki dla grupy próbek fibrosis w odniesieniu do grupy normal, tak aby grupa normal była poziomem bazowym.