1. Nauka
    2. /
  2. Kursy
    3. /
  3. RNA-Seq z Bioconductor w R
Connected

ćwiczenie

Wizualizacje w DESeq2 – heatmapa

UWAGA: Wczytanie tego ćwiczenia może chwilę potrwać.

Wizualizacje są pomocne w dokładniejszym zbadaniu istotnych genów. Heatmapa ekspresji pozwala sprawdzić, jak bardzo różni się ekspresja wszystkich istotnych genów między grupami próbek, natomiast wykres ekspresji umożliwia analizę najistotniejszych genów lub wybranych genów w celu zbadania poziomów ekspresji w poszczególnych grupach próbek.

Instrukcje

100 XP

  • Przefiltruj znormalizowane zliczenia tak, aby uwzględniały tylko istotne geny. Użyj nazw wierszy ze znaczących wyników smoc2_res_sig, aby przefiltrować znormalizowane zliczenia normalized_counts_smoc2.

  • Utwórz heatmapę na podstawie sig_norm_counts_smoc2. Pokoloruj ją przy użyciu palety heat_colors, pogrupuj wiersze bez wyświetlania ich nazw i przeskaluj wartości według „row". Do adnotacji użyj funkcji select(), aby wybrać tylko kolumnę condition z smoc2_metadata.