1. Nauka
    2. /
  2. Kursy
    3. /
  3. RNA-Seq z Bioconductor w R
Connected

ćwiczenie

Tworzenie obiektu DE

UWAGA: Wczytanie tego ćwiczenia może chwilę potrwać.

Korzystając z próbek nadekspresji smoc2, utwórz obiekt DESeq2 tak, aby formuła projektu eksperymentu określała porównanie różnic ekspresji między próbkami zwłóknienia a próbkami prawidłowymi. Metadane eksperymentu są wyświetlone poniżej. Dane zostały wczytane w taki sposób, że kolejność próbek jest taka sama dla surowych zliczeń smoc2 (reordered_smoc2_rawcounts) i metadanych (smoc2_metadata).

smoc2 metadata

Instrukcje

100 XP

  • Utwórz obiekt DESeq2 o nazwie dds_smoc2, używając funkcji DESeqDataSetFromMatrix() i podając argumenty: countData, colData oraz design.

  • Uruchom funkcję DESeq(), aby oszacować współczynniki rozmiarów, obliczyć dyspersje oraz przeprowadzić dopasowanie modelu i testy statystyczne.