Tworzenie obiektu DE
UWAGA: Wczytanie tego ćwiczenia może chwilę potrwać.
Korzystając z próbek nadekspresji smoc2, utwórz obiekt DESeq2 tak, aby formuła projektu eksperymentu określała porównanie różnic ekspresji między próbkami zwłóknienia a próbkami prawidłowymi. Metadane eksperymentu są wyświetlone poniżej. Dane zostały wczytane w taki sposób, że kolejność próbek jest taka sama dla surowych zliczeń smoc2 (reordered_smoc2_rawcounts) i metadanych (smoc2_metadata).
To ćwiczenie jest częścią kursu
RNA-Seq z Bioconductor w R
Instrukcje do ćwiczenia
Utwórz obiekt DESeq2 o nazwie
dds_smoc2, używając funkcjiDESeqDataSetFromMatrix()i podając argumenty:countData,colDataorazdesign.Uruchom funkcję
DESeq(), aby oszacować współczynniki rozmiarów, obliczyć dyspersje oraz przeprowadzić dopasowanie modelu i testy statystyczne.
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Create DESeq2 object
dds_smoc2 <- ___(___ = ___,
___ = ___,
___ = ~ condition)
# Run the DESeq2 analysis
___ <- ___(___)