Ćwiczenie z vignette pakietu DESeq2

W filmach analizujemy różnice w ekspresji genów między próbkami prawidłowymi a próbkami z fibrózą u myszy dzikiego typu. W tych ćwiczeniach zbadamy ekspresję genów między próbkami prawidłowymi a próbkami z fibrózą u myszy z nadekspresją genu smoc2.

Gdy samodzielnie przeprowadzasz analizy różnicowej ekspresji, vignette pakietu DESeq2 to pierwsze miejsce, w którym warto szukać odpowiedzi na nurtujące pytania. W tym ćwiczeniu zapoznaj się z vignette pakietu DESeq2 i wybierz najlepszą odpowiedź na poniższe pytanie:

Dlaczego jako dane wejściowe dla DESeq2 używamy zliczeń bez normalizacji?

UWAGA: Bez normalizacji oznacza, że zliczenia nie zostały skorygowane ze względu na rozmiar biblioteki, czyli całkowitą liczbę odczytów zliczonych dla danej próbki.