1. Nauka
    2. /
  2. Kursy
    3. /
  3. RNA-Seq z Bioconductor w R
Connected

ćwiczenie

Dopasowanie metadanych do danych ze zliczeniami

Aby przeprowadzić analizę w DESeq2, musisz najpierw utworzyć obiekt DESeq2, dostarczając surowe zliczenia, metadane oraz formułę projektu. W tym celu wczytaj dane ze zliczeniami i powiązane metadane przygotowane wcześniej, upewnij się, że nazwy próbek są ułożone w tej samej kolejności w obu zbiorach danych, a następnie utwórz obiekt DESeq2 do analizy różnicowej ekspresji. Do sprawdzenia różnicowej ekspresji między warunkami (normalnym i zwłóknieniem) użyjemy formuły projektu ~ condition.

Biblioteki DESeq2 i dplyr zostały już załadowane, a pliki smoc2_rawcounts i smoc2_metadata – wczytane.

Instrukcje

100 XP

  • Użyj funkcji match(), aby zwrócić indeksy określające, jak zmienić kolejność kolumn danych ze zliczeniami tak, by odpowiadała kolejności nazw wierszy w metadanych. Wynik przypisz do zmiennej reorder_idx.

  • Zmień kolejność kolumn danych ze zliczeniami za pomocą reorder_idx tak, aby nazwy kolumn odpowiadały kolejności nazw wierszy w metadanych.

  • Utwórz obiekt DESeq2 o nazwie dds_smoc2, korzystając z funkcji DESeqDataSetFromMatrix() z metadanymi i uporządkowanymi zliczeniami.