Budowanie zbioru danych NHANES
Zbiory danych NHANES pobrane ze strony NHANES są dostępne wyłącznie jako osobne pliki .XPT – natywny format programu SAS. Na szczęście z pomocą przychodzi pakiet haven.
Połączymy ze sobą zbiory danych NHANES dotyczące danych demograficznych, schorzeń oraz pomiarów ciała. Są one dostępne w surowym formacie .XPT i można się do nich odwołać przez zmienne DEMO_file, MCQ_file i BMX_file. Połącz wszystkie 3 zbiory danych za pomocą zmiennej SEQN. Dobrym sposobem jest użycie funkcji Reduce(), która pozwala łączyć elementy w wygodny sposób.
Dostarczony kod łączący wykonuje następujące kroki:
- Tworzy listę wszystkich 3 zbiorów danych (
nhanes_demo,nhanes_medical,nhanes_bodymeasures). - Używa własnej funkcji wewnątrz
Reduce(), aby wykonać złączenie wewnętrzne (inner join) wszystkich 3 zbiorów danych po zmiennej"SEQN". - Zapisuje wynik jako zbiór danych
nhanes_combined.
To ćwiczenie jest częścią kursu
Projektowanie eksperymentów w R
Instrukcje do ćwiczenia
- Wczytaj pakiet
haven. - Zaimportuj trzy pliki z danymi, wywołując
read_xpt()osobno dla każdego z nich – przekaż kolejnoDEMO_file,MCQ_fileiBMX_filejako argumenty, a wyniki zapisz odpowiednio jakonhanes_demo,nhanes_medicalinhanes_bodymeasures. - Utwórz zbiór
nhanes_combined, łącząc 3 właśnie zaimportowane zbiory danych za pomocą dostarczonego kodu.
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Load haven
___
# Import the three datasets using read_xpt()
nhanes_demo <- read_xpt(DEMO_file)
___
___
# Merge the 3 datasets you just created to create nhanes_combined
nhanes_combined <- list(nhanes_demo, nhanes_medical, nhanes_bodymeasures) %>%
Reduce(function(df1, df2) inner_join(df1, df2, by = "SEQN"), .)