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G. scandens でくちばしの深さはそもそも遺伝しますか？

G. scandens におけるくちばしの深さの遺伝率は低そうに見えます。観測された遺伝率は偶然の産物であり、この種では実はあまり遺伝しない可能性もあります。ここではその仮説を検定します。そのために、ペアのパーミュテーション検定を行います。

この演習はコースの一部です

Pythonで学ぶ統計思考（パート2）

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演習の手順

  • 遺伝率のレプリケート用配列を初期化します。ここでは 10,000 個のペアによるパーミュテーションレプリケートを作成します。
  • レプリケートを生成する for ループを書きます。
    • np.random.permutation() を使って bd_parent_scandens 配列を並べ替えます。
    • その並べ替えた配列と bd_offspring_scandens 配列の間の遺伝率を、前の演習で作成した heritability() 関数で計算し、結果をレプリケート配列に保存します。
  • p 値は、前の演習で計算した観測値 heritability_scandens より大きいレプリケートの個数を数えて求めます。

実践的なインタラクティブ演習

このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。

# Initialize array of replicates: perm_replicates
perm_replicates = ____

# Draw replicates
for i in range(10000):
    # Permute parent beak depths
    bd_parent_permuted = ____
    perm_replicates[i] = ____


# Compute p-value: p
p = np.sum(____ >= ____) / len(____)

# Print the p-value
print('p-val =', p)
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