距離の計算
距離変換は、各ピクセルから特定の点(通常は最も近い背景ピクセル)までの距離を計算します。これにより、オブジェクト内のどの点がより内側にあり、どの点がエッジに近いかを判断できます。
この演習では、labels 内の左心室オブジェクトに対してユークリッド距離変換を適用しましょう。
この演習はコースの一部です
Python による生体医療画像解析
演習の手順
labelsの値が 1 のピクセルを使って、左心室のマスクを作成します。ndi.distance_transform_edt()を使用して、各ピクセルから背景までの距離を計算します。sampling引数にピクセルの寸法を指定してください。ndi.maximumとndi.maximum_positionを使って、最大距離とその座標を出力します。- 距離マップのスライスを元の画像に重ねて表示します(この部分はすでに実装済みです)。
実践的なインタラクティブ演習
このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。
# Calculate left ventricle distances
lv = np.where(____, 1, 0)
dists = ____
# Report on distances
print('Max distance (mm):', ____)
print('Max location:', ____)
# Plot overlay of distances
overlay = np.where(dists[5] > 0, dists[5], np.nan)
plt.imshow(overlay, cmap='hot')
format_and_render_plot()