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距離の計算

距離変換は、各ピクセルから特定の点(通常は最も近い背景ピクセル)までの距離を計算します。これにより、オブジェクト内のどの点がより内側にあり、どの点がエッジに近いかを判断できます。

この演習では、labels 内の左心室オブジェクトに対してユークリッド距離変換を適用しましょう。

この演習はコースの一部です

Python による生体医療画像解析

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演習の手順

  • labels の値が 1 のピクセルを使って、左心室のマスクを作成します。
  • ndi.distance_transform_edt() を使用して、各ピクセルから背景までの距離を計算します。sampling 引数にピクセルの寸法を指定してください。
  • ndi.maximumndi.maximum_position を使って、最大距離とその座標を出力します。
  • 距離マップのスライスを元の画像に重ねて表示します(この部分はすでに実装済みです)。

実践的なインタラクティブ演習

このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。

# Calculate left ventricle distances
lv = np.where(____, 1, 0)
dists = ____

# Report on distances
print('Max distance (mm):', ____)
print('Max location:', ____)

# Plot overlay of distances
overlay = np.where(dists[5] > 0, dists[5], np.nan) 
plt.imshow(overlay, cmap='hot')
format_and_render_plot()
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