Mulai sekarangMulai gratis

Multiple chains

Trace plot membantu kita mendiagnosis kualitas simulasi rantai Markov. Rantai Markov yang "baik" akan menunjukkan kestabilan saat panjang rantai bertambah serta konsistensi antar simulasi berulang, atau multiple chains. Anda akan menggunakan RJAGS untuk menjalankan dan membuat trace plot bagi empat rantai paralel di bawah ini. Objek sleep_model sudah tersedia di workspace Anda.

Latihan ini merupakan bagian dari kursus

Pemodelan Bayesian dengan RJAGS

Lihat Kursus

Instruksi latihan

  • Gunakan jags.model() untuk COMPILE sleep_model dan menginisialisasi 4 rantai paralel. Simpan keluarannya dalam objek jags bernama sleep_jags_multi.

  • SIMULATE sampel 1.000 pengambilan dari model posterior m dan s. Simpan mcmc.list ini sebagai sleep_sim_multi.

  • Periksa head() dari sleep_sim_multi. Perhatikan 4 item list yang berisi 4 rantai paralel.

  • Gunakan plot() untuk membuat trace plot bagi multiple chains. Nonaktifkan plot kerapatan (density).

Latihan interaktif langsung praktik

Cobalah latihan ini dengan melengkapi kode contoh ini.

# COMPILE the model
sleep_jags_multi <- jags.model(textConnection(sleep_model), data = list(Y = sleep_study$diff_3), ___)   

# SIMULATE the posterior    
sleep_sim_multi <- coda.samples(model = ___, variable.names = c("m", "s"), n.iter = ___)

# Check out the head of sleep_sim_multi


# Construct trace plots of the m and s chains
Edit dan Jalankan Kode