Mulai sekarangMulai gratis

Plot jejak rantai Markov

Sebuah trace plot menampilkan visualisasi perilaku longitudinal dari suatu rantai Markov. Secara khusus, trace plot untuk rantai \(m\) memplot nilai rantai yang teramati (sumbu y) terhadap nomor iterasi yang bersesuaian (sumbu x).

Anda akan membangun trace plot untuk rantai \(m\) menggunakan dua pendekatan: dengan menerapkan fungsi bawaan plot() pada objek mcmc.list sleep_sim dan, untuk kontrol yang lebih rinci atas grafik ini (serta analisis pada bab-bab berikutnya), dengan menerapkan ggplot() pada objek data.frame sleep_chains. Baik sleep_sim maupun sleep_chains sudah tersedia di ruang kerja Anda:

sleep_sim <- coda.samples(model = sleep_jags, variable.names = c("m", "s"), n.iter = 10000)
sleep_chains <- data.frame(sleep_sim[[1]], iter = 1:10000)

Latihan ini merupakan bagian dari kursus

Pemodelan Bayesian dengan RJAGS

Lihat Kursus

Instruksi latihan

  • Terapkan plot() pada sleep_sim dengan density = FALSE untuk membangun trace plot bagi rantai \(m\) dan \(s\). CATATAN: 10.000 Iterations yang direkam dimulai setelah periode "burn-in" di mana sampel dibuang. Oleh karena itu, hitungan Iterations tidak dimulai dari 1!

  • Terapkan ggplot() dengan layer geom_line() pada sleep_chains untuk membangun ulang trace plot dari rantai \(m\).

  • Perbesar tampilan: bangun trace plot ggplot() untuk 100 iterasi pertama dari rantai \(m\).

Latihan interaktif langsung praktik

Cobalah latihan ini dengan melengkapi kode contoh ini.

# Use plot() to construct trace plots of the m and s chains


# Use ggplot() to construct a trace plot of the m chain
ggplot(___, aes(x = ___, y = ___)) + 
    geom_line()

# Trace plot the first 100 iterations of the m chain
ggplot(___, aes(x = ___, y = ___)) + 
    geom_line()
Edit dan Jalankan Kode