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La profondeur du bec est-elle héréditaire chez G. scandens ?

L'héritabilité de la profondeur du bec chez G. scandens semble faible. Il se peut que cette héritabilité observée soit due au hasard et que la profondeur du bec ne soit en fait pas vraiment héréditaire chez cette espèce. Vous allez vérifier cette hypothèse ici. Pour ce faire, vous effectuerez un test de permutation par paires.

Cette activité fait partie du cours

Réflexion statistique en Python (partie 2)

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Instructions de l’exercice

  • Initialisez votre tableau de répliques d'héritabilité. Nous prendrons 10 000 répliques par paires de permutation.
  • Écrivez une boucle for pour générer vos répliques.
    • Permutez le tableau bd_parent_scandens à l'aide de np.random.permutation().
    • Calculez l'héritabilité entre le tableau permuté et le tableau bd_offspring_scandens à l'aide de la fonction heritability() que vous avez écrite dans le dernier exercice. Enregistrez le résultat dans le tableau des répliques.
  • Calculez la valeur p comme le nombre de répliques qui sont supérieures à l'heritability_scandens observée que vous avez calculée dans le dernier exercice.

Exercice interactif pratique

Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.

# Initialize array of replicates: perm_replicates
perm_replicates = ____

# Draw replicates
for i in range(10000):
    # Permute parent beak depths
    bd_parent_permuted = ____
    perm_replicates[i] = ____


# Compute p-value: p
p = np.sum(____ >= ____) / len(____)

# Print the p-value
print('p-val =', p)
Modifier et exécuter le code