依 condition 分層式熱圖
在對計數資料進行品質評估時，為了讓非監督式分群分析能更清楚呈現變異，我們需要先對正規化後的計數做轉換。為了用分層式熱圖評估 smoc2 樣本之間的相似性，請轉換正規化計數並執行分層式叢集分析。假設所有函式庫都已載入、DESeq2 物件已建立，且 size factor 已儲存在 DESeq2 物件 dds_smoc2 中。
本練習屬於課程
使用 R 與 Bioconductor 進行 RNA-Seq
練習說明
- 使用
vst()函式並搭配blind參數，將dds_smoc2物件中的正規化計數轉換，並將結果儲存為vsd_smoc2。 - 使用
assay()從vsd_smoc2物件擷取轉換後的正規化計數矩陣，並儲存為vsd_mat_smoc2。 - 計算樣本之間的相關係數，並將結果儲存為
vsd_cor_smoc2。 - 使用
pheatmap()以vsd_cor_smoc2建立相關係數的熱圖，並加入來自資料框smoc2_metadata的condition註解列作為標示。
動手互動練習
試著完成這個範例程式碼，體驗一下這個練習。
# Transform the normalized counts
vsd_smoc2 <- ___(___, ___)
# Extract the matrix of transformed counts
vsd_mat_smoc2 <- ___(___)
# Compute the correlation values between samples
vsd_cor_smoc2 <- ___(___)
# Plot the heatmap
___(___, annotation = select(___, ___))