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DESeq2 模型:擷取結果

注意: 載入此練習可能需要多一點時間。

在探索離差並確認資料與 DESeq2 模型相容之後,我們要擷取結果。

假設先前的步驟都已經完成,包括建立 DESeq2 物件 dds_smoc2,以及執行 DESeq() 函式。

本練習屬於課程

使用 R 與 Bioconductor 進行 RNA-Seq

檢視課程

練習說明

  • 使用 results() 函式,設定比較所需的對照(contrast),並將 alpha 設為 0.05。針對關注的條件 condition,輸出 fibrosis 樣本群組相對於 normal 樣本群組的結果,並以 normal 樣本群組作為基準層級(base level)。

動手互動練習

試著完成這個範例程式碼,體驗一下這個練習。

# Extract the results of the differential expression analysis
smoc2_res <- results(___, 
                ___ = ___, 
                alpha = ___)
編輯並執行程式碼