DESeq2 模型:擷取結果
注意: 載入此練習可能需要多一點時間。
在探索離差並確認資料與 DESeq2 模型相容之後,我們要擷取結果。
假設先前的步驟都已經完成,包括建立 DESeq2 物件 dds_smoc2,以及執行 DESeq() 函式。
本練習屬於課程
使用 R 與 Bioconductor 進行 RNA-Seq
練習說明
- 使用
results()函式,設定比較所需的對照(contrast),並將 alpha 設為0.05。針對關注的條件condition,輸出fibrosis樣本群組相對於normal樣本群組的結果,並以normal樣本群組作為基準層級(base level)。
動手互動練習
試著完成這個範例程式碼,體驗一下這個練習。
# Extract the results of the differential expression analysis
smoc2_res <- results(___,
___ = ___,
alpha = ___)