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DESeq2 結果-LFC 收縮

注意: 載入這個練習可能會花比較久的時間。

為了改進資料的倍數變化估計,我們想用 lfcShrink() 函式對結果的 log2 倍數變化進行收縮。

請假設先前步驟都已完成,包括建立 DESeq2 物件 dds_smoc2、執行 DESeq() 函式,以及擷取結果 smoc2_res

本練習屬於課程

使用 R 與 Bioconductor 進行 RNA-Seq

檢視課程

練習說明

  • 使用 lfcShrink() 函式對 log2 倍數變化進行收縮。

動手互動練習

試著完成這個範例程式碼,體驗一下這個練習。

# Shrink the log2 fold change estimates to be more accurate
smoc2_res <- lfcShrink(___, 
                    contrast =  c(___, ___, ___),
                    res = ___)
編輯並執行程式碼