DESeq2 結果-LFC 收縮
注意: 載入這個練習可能會花比較久的時間。
為了改進資料的倍數變化估計,我們想用 lfcShrink() 函式對結果的 log2 倍數變化進行收縮。
請假設先前步驟都已完成,包括建立 DESeq2 物件 dds_smoc2、執行 DESeq() 函式,以及擷取結果 smoc2_res。
本練習屬於課程
使用 R 與 Bioconductor 進行 RNA-Seq
練習說明
- 使用
lfcShrink()函式對 log2 倍數變化進行收縮。
動手互動練習
試著完成這個範例程式碼,體驗一下這個練習。
# Shrink the log2 fold change estimates to be more accurate
smoc2_res <- lfcShrink(___,
contrast = c(___, ___, ___),
res = ___)