使用 DESeq2 進行計數正規化
我們已經建立了 DESeq2 物件，現在要對樣本做品質控管。因此，需要產生正規化後的計數（針對資料庫大小進行正規化，也就是每個樣本的基因計數總和，並同時考量資料庫組成）。若要取得正規化後的計數，請使用 DESeq2 物件並產生正規化的計數矩陣。
本練習屬於課程
使用 R 與 Bioconductor 進行 RNA-Seq
練習說明
使用
estimateSizeFactors()函式為 smoc2 的計數資料估計 size factors，並將結果存回dds_smoc2物件。從
dds_smoc2提取正規化後的計數值，使用counts()函式儲存為smoc2_normalized_counts。
動手互動練習
試著完成這個範例程式碼，體驗一下這個練習。
# Determine the size factors to use for normalization
dds_smoc2 <- ___(___)
# Extract the normalized counts
smoc2_normalized_counts <- ___(___, ___)