探索 DESeq2 結果
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為了降低回傳的差異表現（DE）基因數量，並減少這些 DE 基因在生物學上不具意義的可能性，我們將使用較小的 log2 倍數變化閾值來判定 DE 基因。
本練習屬於課程
使用 R 與 Bioconductor 進行 RNA-Seq
練習說明
使用
results()函式擷取 smoc2 的結果，作法與先前相同，設定 alpha 為 0.05，且將condition的基準層級設為normal。但這次請使用 0.32 的 log2 倍數變化閾值。假設先前步驟都已完成，包括建立 DESeq2 物件dds_smoc2，以及執行DESeq()函式。使用
lfcShrink()函式對 log2 倍數變化進行縮減。
動手互動練習
試著完成這個範例程式碼，體驗一下這個練習。
# Explore the results() function
?results
# Extract results
smoc2_res <- ___(___,
contrast = ___,
alpha = ___,
lfcThreshold = ___)
# Shrink the log2 fold changes
smoc2_res <- ___(___,
___,
res = ___)