RNA-Seq 差異表現分析－實驗規劃

良好的實驗規劃是成功進行 RNA-Seq 差異表現分析的關鍵。為了避免批次效應，並將已知的變異來源在樣本組間妥善分開，我們要為計畫中的 RNA-Seq 實驗選出最佳的樣本分批方式。

我們的後設資料包含下列樣本資訊：

• sample： 樣本名稱
• treatment： A 或 B
• sex： M 或 F
• replicate： 1、2、3、4

由於組織取樣耗時，你一次只能從 4 個樣本萃取 RNA，而且每個組別都有 4 個生物複本。以下哪一個是進行 RNA Isolation（RNA 萃取）時，能避免批次效應的最佳分批方式：

• Option A：

• Option B：

• Option C：

• Option D：