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DESeq2 模型 - 探索離差

注意: 載入此練習可能需要久一點。

在前一個練習已經配適模型之後,現在用 plotDispEsts() 繪製離差估計值,來檢視 smoc2 資料與負二項分佈模型的配適情形。請記得,離差估計值用來對原始計數建模;如果離差不符合 DESeq2 的假設,資料中的變異可能會被不準確地估計,進而讓差異表現分析(DE)結果的準確度下降。

DESeq2 的假設是:離差應該會隨著平均值增加而整體下降,且大致上會沿著配適線分佈。

本練習屬於課程

使用 R 與 Bioconductor 進行 RNA-Seq

檢視課程

練習說明

  • 使用 plotDispEsts() 函式為 smoc2 資料繪製離差估計值。假設所有前置步驟都已完成,包括建立 DESeq2 物件 dds_smoc2,以及執行 DESeq() 函式。

動手互動練習

試著完成這個範例程式碼,體驗一下這個練習。

# Plot dispersions
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編輯並執行程式碼