Вирівнювання рідів

У робочому процесі RNA-Seq ми отримуємо сирі файли секвенування у форматі FASTQ від секвенувального центру. Ми оцінюємо якість рідів послідовностей для кожного зразка, а потім за допомогою вирівнювання визначаємо, з яких ділянок геному походять ріди. Інформацію про місця вирівнювання рідів ми використаємо, щоб згенерувати матрицю підрахунків, з якою почнемо аналіз диференційної експресії. Що саме підраховували, щоб отримати матрицю підрахунків?