Створення об'єкта DE

ПРИМІТКА: Завантаження цієї вправи може тривати трохи довше.

Використовуючи зразки з надекспресією smoc2, створіть об'єкт DESeq2 так, щоб формула дизайну задавала порівняння відмінностей експресії між зразками з фіброзом і нормальними зразками. Метадані для експерименту наведено нижче. Ми вже зчитали дані, і порядок зразків збігається для «сирих» підрахунків smoc2, reordered_smoc2_rawcounts, і для метаданих, smoc2_metadata.

smoc2 metadata

Ця вправа є частиною курсу

RNA-Seq з Bioconductor у R

Переглянути курс

Інструкції до вправи

Створіть об'єкт DESeq2 під назвою dds_smoc2 за допомогою функції DESeqDataSetFromMatrix(), вказавши аргументи: countData, colData і design.
Запустіть функцію DESeq(), щоб оцінити коефіцієнти масштабу, обчислити дисперсії та виконати підгін моделі й тестування.

Інтерактивна практична вправа

Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.

# Create DESeq2 object
dds_smoc2 <- ___(___ = ___,
                 ___ = ___,
                 ___ = ~ condition)

# Run the DESeq2 analysis
___ <- ___(___)

Редагувати та запускати код