Дослідження результатів DESeq2

ПРИМІТКА: Завантаження цієї вправи може тривати трохи довше.

Щоб зменшити кількість DE‑генів, які ми повертаємо, і знизити ймовірність того, що ці DE‑гени будуть біологічно значущими випадково, ми використаємо невеликий поріг для log2 fold change, щоб визначати DE‑гени.

Ця вправа є частиною курсу

RNA-Seq з Bioconductor у R

Переглянути курс

Інструкції до вправи

Витягніть результати для smoc2 за допомогою функції results(), як і раніше, з alpha 0.05 і з normal як базовим рівнем для condition. Однак цього разу використайте поріг log2 fold change 0.32. Вважайте, що всі попередні кроки вже виконано, зокрема створено об'єкт DESeq2 dds_smoc2 і запущено функцію DESeq().
Виконайте зменшення (shrinkage) значень log2 fold change за допомогою функції lfcShrink().

Інтерактивна практична вправа

Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.

# Explore the results() function
?results

# Extract results
smoc2_res <- ___(___, 
                contrast = ___, 
                alpha = ___, 
                lfcThreshold = ___)

# Shrink the log2 fold changes
smoc2_res <- ___(___, 
                    ___, 
                    res = ___)

Редагувати та запускати код