Нормалізація підрахунків у DESeq2

Ми створили об'єкт DESeq2 і тепер хочемо виконати контроль якості для наших вибірок. Для цього потрібно згенерувати нормалізовані підрахунки (нормалізація за розміром бібліотеки, тобто загальною кількістю підрахунків генів на вибірку, з урахуванням композиції бібліотеки). Щоб отримати нормалізовані підрахунки, використайте об'єкт DESeq2 і згенеруйте матрицю нормалізованих підрахунків.

Ця вправа є частиною курсу

RNA-Seq з Bioconductor у R

Переглянути курс

Інструкції до вправи

Оцініть коефіцієнти розміру для даних підрахунків smoc2 за допомогою функції estimateSizeFactors() і збережіть назад в об'єкт dds_smoc2
Витягніть нормалізовані значення підрахунків із dds_smoc2 і збережіть як smoc2_normalized_counts, використовуючи функцію counts().

Інтерактивна практична вправа

Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.

# Determine the size factors to use for normalization
dds_smoc2 <- ___(___)

# Extract the normalized counts
smoc2_normalized_counts <- ___(___, ___)

Редагувати та запускати код