Візуалізації DESeq2 — теплова карта

Примітка: завантаження цієї вправи може тривати трохи довше.

Візуалізації допомагають детальніше досліджувати значущі гени. Теплова карта експресії показує, наскільки відрізняється експресія всіх значущих генів між групами зразків, а графік експресії дає змогу розглянути топ значущі гени або обрати окремі цікаві гени, щоб дослідити рівні експресії між групами зразків.

Ця вправа є частиною курсу

RNA-Seq з Bioconductor у R

Переглянути курс

Інструкції до вправи

Виберіть підмножину нормалізованих лічильників, залишивши лише значущі гени. Використайте назви рядків значущих результатів smoc2_res_sig, щоб вибрати підмножину нормалізованих лічильників normalized_counts_smoc2.
Створіть теплову карту, використовуючи sig_norm_counts_smoc2. Розфарбуйте теплову карту палітрою heat_colors, кластеризуйте рядки без відображення їхніх назв і масштабуйте значення за «row». Для анотації скористайтеся select(), щоб вибрати лише стовпець condition з smoc2_metadata.

Інтерактивна практична вправа

Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.

# Subset normalized counts to significant genes
sig_norm_counts_smoc2 <- ___[___(___), ]

# Choose heatmap color palette
heat_colors <- brewer.pal(n = 6, name = "YlOrRd")

# Plot heatmap
pheatmap(___, 
         color = ___, 
         cluster_rows = ___, 
         show_rownames = ___,
         annotation = ___(___, ___), 
         scale = ___)

Редагувати та запускати код