Результати DESeq2 — стискання LFC

ПРИМІТКА: Завантаження цієї вправи може тривати трохи довше.

Щоб покращити оцінки коефіцієнтів зміни експресії, потрібно взяти отримані результати та „стиснути" log2-fold change за допомогою функції lfcShrink().

Уважайте, що всі попередні кроки вже виконано: створено об'єкт DESeq2 dds_smoc2, запущено функцію DESeq(), а також отримано результати smoc2_res.

Ця вправа є частиною курсу

RNA-Seq з Bioconductor у R

Переглянути курс

Інструкції до вправи

Виконайте стискання log2-fold change за допомогою функції lfcShrink().

Інтерактивна практична вправа

Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.

# Shrink the log2 fold change estimates to be more accurate
smoc2_res <- lfcShrink(___, 
                    contrast =  c(___, ___, ___),
                    res = ___)

Редагувати та запускати код