RNA-Seq DE analysis — планування експерименту
Ключ до успішного аналізу диференціальної експресії RNA-Seq — це добре продумане планування експерименту. Щоб уникнути ефектів партії та розділити відомі джерела варіативності між групами зразків, ми оберемо найкращий спосіб формувати партії зразків для нашого запланованого експерименту RNA-Seq.
Наші метадані містять інформацію про зразки, зокрема:
- sample: назва зразка
- treatment: A або B
- sex: M або F
- replicate: 1, 2, 3, 4
Через тривалість процесу екстракції тканин ви можете ізолювати РНК лише з 4 зразків одночасно, і ми маємо 4 біологічні повтори на групу. Який із наведених варіантів є найкращим способом формувати партії для етапу RNA Isolation, щоб уникнути ефектів партії:
- Варіант A:
- Варіант B:
- Варіант C:
- Варіант D:
Ця вправа є частиною курсу
RNA-Seq з Bioconductor у R
Практична інтерактивна вправа
Перетворіть теорію на практику за допомогою однієї з наших інтерактивних вправ
Почати вправу