Модель DESeq2 — отримання результатів

ПРИМІТКА: завантаження цієї вправи може тривати трохи довше.

Після аналізу дисперсій і висновку, що дані добре відповідають моделі DESeq2, потрібно отримати результати.

Припустімо, що всі попередні кроки вже виконано, зокрема створено об'єкт DESeq2 dds_smoc2 і запущено функцію DESeq().

Ця вправа є частиною курсу

RNA-Seq з Bioconductor у R

Використайте функцію results() і задаймо контраст для порівняння з alpha 0.05. Для цільової умови condition виведіть результати для групи зразків fibrosis відносно групи normal, щоб група normal була базовим рівнем.

Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.

# Extract the results of the differential expression analysis
smoc2_res <- results(___, 
                ___ = ___, 
                alpha = ___)