Ключ до успішного аналізу диференціальної експресії RNA-Seq — це добре продумане планування експерименту. Щоб уникнути ефектів партії та розділити відомі джерела варіативності між групами зразків, ми оберемо найкращий спосіб формувати партії зразків для нашого запланованого експерименту RNA-Seq.

Наші метадані містять інформацію про зразки, зокрема:

sample: назва зразка
treatment: A або B
sex: M або F
replicate: 1, 2, 3, 4

Через тривалість процесу екстракції тканин ви можете ізолювати РНК лише з 4 зразків одночасно, і ми маємо 4 біологічні повтори на групу. Який із наведених варіантів є найкращим способом формувати партії для етапу RNA Isolation, щоб уникнути ефектів партії:

Варіант A:

choice1

Варіант B:

choice2

Варіант C:

choice3

Варіант D:

choice4

Підсумок аналізу DE для RNA-Seq — підготовка

Create Your Free Account