Markov zinciri yoğunluk grafikleri

Bir iz grafiği (trace plot) bir Markov zincirinin zaman içindeki davranışını yakalarken, bir yoğunluk grafiği zincir değerlerinin nihai dağılımını gösterir. Böylece, yoğunluk grafiği ardıl (posterior) modelin bir yaklaşımını sunar. Aşağıda \(m\) Markov zincirinin yoğunluk grafiklerini oluşturup inceleyeceksin. mcmc.list nesnesi sleep_sim ve sleep_chains veri çerçevesi çalışma alanında hazır:

sleep_sim <- coda.samples(model = sleep_jags, variable.names = c("m", "s"), n.iter = 10000)
sleep_chains <- data.frame(sleep_sim[[1]], iter = 1:10000)

Bu egzersiz, kursun bir parçasıdır

RJAGS ile Bayesçi Modelleme

Kursa Göz Atın

Egzersiz talimatları

\(m\) ve \(s\) zincirleri için yoğunluk grafiklerini oluşturmak üzere sleep_sim üzerinde plot() uygula ve trace = FALSE ayarla.
\(m\) zincirinin yoğunluk grafiğini yeniden oluşturmak için sleep_chains üzerinde ggplot() uygula.

Uygulamalı etkileşimli egzersiz

Bu egzersizi bu örnek kodu tamamlayarak deneyin.

# Use plot() to construct density plots of the m and s chains


# Use ggplot() to construct a density plot of the m chain
ggplot(___, aes(x = ___)) + 
    ___()

Kodu Düzenle ve Çalıştır