Markov zinciri iz grafikleri
Bir iz grafiği, bir Markov zincirinin boylamsal davranışını görselleştirir. Özellikle, \(m\) zinciri için bir iz grafiği, gözlenen zincir değerini (y ekseni) karşılık gelen yineleme numarasına (x ekseni) karşı çizer.
\(m\) zincirinin iz grafiklerini iki farklı yaklaşımla oluşturacaksın: yerleşik plot() fonksiyonunu mcmc.list nesnesi sleep_sim üzerinde kullanarak ve bu görsel üzerinde daha ince ayar (ve sonraki bölümlerdeki analizlerde daha ince kontrol) için ggplot()'u data.frame nesnesi sleep_chains üzerinde kullanarak. Hem sleep_sim hem de sleep_chains çalışma alanında:
sleep_sim <- coda.samples(model = sleep_jags, variable.names = c("m", "s"), n.iter = 10000)
sleep_chains <- data.frame(sleep_sim[[1]], iter = 1:10000)
Bu egzersiz, kursun bir parçasıdır
RJAGS ile Bayesçi Modelleme
Egzersiz talimatları
\(m\) ve \(s\) zincirleri için iz grafikleri oluşturmak üzere
plot()'usleep_simüzerindedensity = FALSEile uygula. NOT: Kaydedilen 10.000Iterations, örneklerin atıldığı bir "ısınma" döneminden sonra başlar. Bu nedenleIterationssayımı 1'den başlamaz!\(m\) zincirinin iz grafiğini yeniden oluşturmak için
sleep_chainsüzerindegeom_line()katmanıyla birlikteggplot()uygula.Yakınlaştır: \(m\) zincirinin ilk 100 yinelemesinin
ggplot()iz grafiğini oluştur.
Uygulamalı etkileşimli egzersiz
Bu egzersizi bu örnek kodu tamamlayarak deneyin.
# Use plot() to construct trace plots of the m and s chains
# Use ggplot() to construct a trace plot of the m chain
ggplot(___, aes(x = ___, y = ___)) +
geom_line()
# Trace plot the first 100 iterations of the m chain
ggplot(___, aes(x = ___, y = ___)) +
geom_line()