เริ่มต้นใช้งานเริ่มต้นใช้งานได้ฟรี

ทฤษฎี DGE: Metadata

ใช้ข้อมูลด้านล่างเพื่อสร้าง data frame สำหรับ metadata ของข้อมูลการนับ fibrosis โดยตั้งชื่อว่า metadata และให้มีคอลัมน์ genotype และ condition โดยให้ชื่อตัวอย่าง (เช่น smoc2_fibrosis1, smoc2_fibrosis2 เป็นต้น) เป็นชื่อแถวของ data frame:

smoc2 metadata

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

RNA-Seq ด้วย Bioconductor ใน R

ดูคอร์ส

คำแนะนำการฝึกหัด

  • สร้างเวกเตอร์แบบ character ชื่อ genotype จากข้อมูลด้านบนโดยใช้ c()
  • สร้างเวกเตอร์แบบ character ชื่อ condition จากข้อมูลด้านบนโดยใช้ c()
  • สร้าง data frame ชื่อ smoc2_metadata โดยใช้ data.frame() พร้อมกับเวกเตอร์ genotype และ condition ที่สร้างไว้
  • สร้างเวกเตอร์ของชื่อตัวอย่างโดยใช้ c() แล้วกำหนดให้เป็นชื่อแถวของ data frame ด้วย rownames()

แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# Create genotype vector
genotype <- c(___)

# Create condition vector
condition <- c(___)

# Create data frame
smoc2_metadata <- data.frame(___, ___)

# Assign the row names of the data frame
rownames(smoc2_metadata) <- c(___)
แก้ไขและรันโค้ด